No existe una forma de convertir archivos .MP3 a MIDI, sin embargo, sí que existe una forma de "montar" MIDIs. Si lo que estás sacando es música de algún videojuego, lo que tienes que hacer es silenciar todos los canales menos uno y grabar la música con un sólo canal activo (repites lo mismo para los demás).
Y luego, coges algún programa de conversión MP3 => MIDI y conviertes cada una de las grabaciones a formato MIDI. Y una vez los tengas todos transformados, basta con coger un programa de edición de MIDI's y montar todas las grabaciones.
Si no es de ningún juego de GB/GBC/GBA, entonces no hay forma de hacer la composición, y por ende, no puedes obtener MIDIs.