El compare 0x800D (lastresult) 0x0 lo que hace es comparar el valor obtenido con el comando countpokemon con el valor 0, lo que equivale a no tener ningún Pokémon.
Como se trata de un script de gatillo tienes que usar una variable que indique cuando debe dejar de ejecutarse el script, yo use la 0x4FFF pero tu puedes usar, dentro de las disponibles, la que quieras. Además, hice un setvar 0x1 porque en la configuración de la casilla del script en AM he puesto en "Var value" un 0 (número que indica el valor que debe de tener la variable para que el script se ejecute y se siga ejecutando), por ese motivo le asigno otro valor a la variable cuando quiero que el script no se repita.