Un error del programa que ocurre a veces es que el tile no se inserta bien la primera vez, por lo que pasa eso. Lo que tienes que hacer es cerrar la ventana del editor de paletas y volver a abrirla, y ya está, ya puedes. Si no, no sé qué puede ser...
Si has editado una puerta, es muy probable que salga ese error, para editar las puertas (Ya que son tiles animados) debes usar un programa dedicado solo a eso "Door Changer" si no me equivoco.