Sobre las habilidades y los objetos en un principio no deberías de tener problemas porque no he tocado nada en las habilidades y en los objetos lo único es que tendrás que cambiar los bolsillos porque están cambiados en BW.
Y tampoco deberías tener problema con el PBItem_Pokéball y los demás, aunque te recomendaría re-hacer las modificaciones (copiar y pegar lo cambiado) en vez de copiar el script completo por ejemplo. En el Essentials BW no he cambiado nada del "núcleo" por así decirlo, únicamente he cambiado toda la interfaz y el mayor cambio fue cambiar el sistema que renderiza los mapas para que funcione mejor y arreglar algunos bugs del Essentials, pero por lo demás siéntete libre de modificarlo todo como si de un Essentials limpio se tratase
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