Eso ya no te puedo decir. En las roms de 3ª Generación la evolución es inherente al sexo del Pokémon, y habría que hacerlo mediante ASM, materia en la que aún no he tenido tiempo de indagar demasiado, y aún así pienso que sería complicado.
La solución que se me ocurre (aunque ligeramente chapucera xD) sería añadir un Pokémon más al juego, idéntico al otro, que tenga solo un sexo posible (eso se puede editar) y dejar al original con el otro sexo posible. Así te aseguras de que puedes elegir el sexo siempre