La premisa puede resultar original e interesante, sin embargo la historia que planteaste se ve bastante inconsistente. Te explico:
La explotación de pokémon en fábricas no causa que estos se extingan. Problemas ambientales, caza desmedida, alguna especie introducida, enfermedades y cosas de ese estilo sí pueden causar que la población de especies de pokémon disminuya significativamente en una región geográfica determinada.
¿Cómo es eso de "crear" pokémon? Los conocimientos de la clonación no son exclusivos del jefe de la mafia, de hecho me sorprendería que sepa realmente cómo se hace. Esos conocimientos como mínimo los tienen los científicos que trabajaron en el proyecto de mewtwo.
Siguiendo con lo mismo, ¿por qué Giovanni es el único?
En el apartado historia tienes bastantes cabos sueltos que resolver para que la trama tenga sentido.
Inconsistencias aparte, te sugiero que sitúes tu hack en una región que no sea Kanto o Hoenn, ambas regiones están ya demasiado vistas por lo que seguir recorriendo las mismas rutas simplemente aburre.
Otro aspecto cliché es la aparición de Giovanni, sin embargo lo haces de una forma original mostrándolo como alguien que se arrepiente y busca la redención. Sin embargo la sola derrota contra Red no es suficiente para explicar esto. Te sugiero que quizás te desligues de la historia ya trilladísima del héroe de Kanto que desmanteló al Team Rocket y busques adaptarla para que este aspecto sea sólido.