Poder puedes (Pasar los TileSets) pero si no me equivoco, para usar FR deberias aplicar un parche para cambiarles el tamaño. (Más no si usas Emerald)
Aunque en realidad es sólo cuestión de gustos, y me llama la atención que alguna herramienta no funcione con Ruby, ¿Cual de ellas es?