Creo que es porque has usado colores no de 16 bits; lo que soporta GBA.
Creo que lo podías hacer con un programa (CMP creo) aunque no me llevo bin con este, así que lo hacía a lo muy cutre y difícil, cambiar las paletas que puse por unas en 16 bits... pero a mano, en paint. No hagas eso, pls xD...