Creo que lo que dices es como un submenu de ajustes que activen ciertas variables que a su vez activen ciertas mecánicas.
Pero deberias como has dicho tener todo añadido en decomp y crear ese menu 🤔
Porque no creas un pokemon nuevo le colocas todos los datos del original pero con tus cambios y lo colocas que no aparezca salvaje y se lo das al trainer que gustes
aaaaah no se puede amigo, solo puedes editar una rom... No puedes estar poniendo y quitando cosas, pero si puedes tener una rom que le pongas cosas (rom hacking vaya) lo que si se puede poner y quitar son los cheats :D