Que pendejo soy!, cierto que lo mencionaste en el comentario, y olvide felicitarte D:
Feliz cumple :3, un poco tarde, lo se, pero perdóname la vida (?
Yo, bueno, se puede decir que bien xD
Desconozco si hay un método mas practico, pero esto es lo que yo hago:
1- Indexa la imagen.
2-Ve a tabla de colores, y en esa pestaña te aparecerán los correspondientes tonos que pertenecen al sprite/u otra imagen que estés editando, y podrás realizar cambios instantáneos. ( por si no sabes...