Pues, supongo que solo te puedo ayudar en lo primero xd
Pues yo haría esto:
Agarra dos ROMs limpios, en uno aplica el parche de Gut-Bro y el otro dejalo como está. Con el HxD busca las diferencias entre un rom y el otro, copia y pega los bytes del rom limpio al que aplicaste el parche. Supongo...