Sí que se pueden añadir nuevos Pokémon sin sustituir los antiguos.
De hecho yo he conseguido añadir Pokémon nuevos.
Primero añades los nombres de los Pokémon nuevos mediante el SDSME (están en el texto número 362 en el Pokémon Diamante).
Luego abres los archivos evo.narc, personal.narc y...